Lúc đầu chùa chỉ là một thảo am tĩnh mịch, sau đó được dần trùng tu mở rộng thu hút được nhiều tăng ni phật tử và trở nên nổi tiếng. 
Năm Vĩnh Thịnh thứ 11 (1717, đời vua Lê Dụ Tông), chúa Nguyễn Phúc Chu đã ban cho nhà chùa biển ngạch Sắc Tứ Thiên Ấn Tự. Tấm biển này sau đó bị hư hại và được thiền sư Hoàng Phúc tái tạo vào năm 1946. Từ khi khai lập đến nay, chùa đã có 15 đời sư trụ trì, trong đó có 6 vị được suy tôn là sư tổ, gọi chung là lục tổ. 
Chùa cũng đã trải qua 5 lần trùng tu, vào các năm 1717, 1827, 1910, 1918, 1959. So với các ngôi chùa cổ trong Nam ngoài Bắc, kể cả chùa Ông Thu Xà, chùa Thiên Ấn không nổi bật lắm về kiến trúc nội thất, trừ nhà phương trượng được xây dựng theo kiến trúc nhà rường, vốn là bộ khung mua lại của đình làng Phú Nhơn. Bù lại, chùa được xây dựng ở một vị trí có một không hai, đó là đỉnh đồi Thiên Ấn – một thế đất thiêng trong tâm tưởng của người dân Quảng Ngãi.

Không những đông đảo tăng ni phật tử tôn xưng ngôi vị tổ đình, mà đối với người dân, ngôi chùa này có một sự gắn bó bền chặt trong tâm linh, tình cảm, thể hiện qua các giai thoại như giếng Phật, chuông Thần và nhiều câu ca dao sâu nặng nghĩa tình được truyền miệng từ đời này qua đời khác. 
GIẾNG PHẬT: 
Tại chùa Thiên Ấn có khu viên mộ, nơi an táng của các vị sư tổ và các thiền sư trụ trì, nằm tiếp phía đông Thiên Ấn tự, với những ngôi bửu tháp được xây dựng nhiều tầng theo số lẻ (3,5,7,9) và tượng hình hoa sen. Chính những khu viên mộ này là nơi gìn giữ bảo thân của 6 vị thiền sư nổi tiếng đã có công mở rộng, gìn giữ ngôi chùa cũng như mang giáo lý từ bi, hỷ xả các Đức Phật đến với đông đảo tín đồ trong tỉnh.

Cách ngôi chùa không xa, chếch về hướng tây nam là mộ nhà yêu nước Huỳnh Thúc Kháng với tấm bia mộ màu trắng, cao thanh thoát, có thể nhìn thấy từ phía xa xa. Kết hợp hài hòa kiến trúc hiện đại và truyền thống lăng mộ Đông phương, ngôi mộ vừa có đường nét đơn giản, vừa có được sự trang trọng nghiêm kính, gắn bó hữu cơ với tổng thể cảnh quan Thiên Ấn. 
Trong những dịp lễ lớn, số người đến viếng Thiên Ấn và mộ cụ Huỳnh Thúc Kháng lên đến hàng vạn, trong đó có không ít người phương xa về. họ có thể là tín đồ phật giáo về đây lễ Phật và cầu nguyện, cũng có thể là người không theo đạo nhưng yêu mến cảnh chùa muốn đến đây để chiêm ngưỡng một thắng cảnh hàng đầu của tỉnh Quảng Ngãi, dành một khoảng thời gian để lòng mình tĩnh lặng, để tẩy rửa tâm hồn, suy ngẫm nhiều điều về cuộc đời và vũ trụ.

(Nguồn: www.quangngai.gov.vn)