Đứng trước cổng chùa nhìn bao quát toàn bộ ngôi chùa, chúng ta thấy điểm nổi bật là một tổng thể kiến trúc đồ sộ, lộng lẫy, nhiều màu sắc và rất dễ dàng nhận ra đây là ngôi chùa người Hoa, cấu trúc của ngôi chùa, màu sắc trang trí và các mảng đề tài bằng gốm men màu trang trí trên nóc chùa.

Chùa Ông gồm ba tòa nhà riêng biệt liên kết với nhau có cấu trúc theo kiểu “nội công ngoại quốc” gồm một tòa nhà ở chính giữa hay còn gọi là điện thờ chính hình chữ công ( 4 ) ba dãy nhà bao quanh hình chữ khẩu. Tòa chính điện thờ Quan thánh Đế quân. Tòa nhà bên trái xưa kia là hội quán Phước Châu nay sử dụng làm nhà bếp và thờ thần tài. Tòa nhà bên phải xưa kia là hội quán Quảng Đông nay sử dụng làm nơi tiếp khách và nhà kho. Phía sau điện thờ chính là tòa nhà hai tầng kiến trúc hiện đại thờ Phật bà Quan Âm còn gọi là Quan Âm các. Chính điện gồm: Tiền điện, trung điện và hậu điện nối tiếp với nhau theo một trục thẳng từ ngoài vào trong như sau:

Tiền điện chính là mặt tiền của chùa, được xây dựng bằng nguyên vật liệu khá chắc chắn, mái lợp ngói theo kiểu âm dương đại hay còn gọi là ống ngóa, trước kia là máu lưu ly nay đã ngã màu rêu phong, thâm u cổ kính. Đây là mái đặc trưng của ngôi chùa Hoa. Bộ khung kéo đều làm bằng gỗ lim, gỗ sao. Hệ thống vi kèo của tiền điện là một dạng biến thể “chồng rường giá chiêng ” con nhi. Đây là một kết cấu xuất hiện sớm nhất vào cuối thế kỷ XIX. Đặc biệt là hệ thống “đầu ” dựa trên đầu cột làm chức năng kết cấu đỡ mái đưa ra xa chân cột khá độc đáo. Nóc tiền điện được trang trí các bức phù điêu gốm men xanh (gốm Đồng Nai) do lò gốm Bửu Nguyên ở Sài Gòn (Gia Định) sản xuất vào năm Quang tự Giáp ngọ (1894). Hàng trăm tượng người, ngựa, xe cộ… bằng ốm men xanh thể hiện các đề tài truyền thống trung Hoa như: vinh quy bái tổ, cá vượt vũ môn, múa hát cung đình, phụng ngậm cuốn thư, ông Nhật, bà Nguyệt… tượng trưng cho thái bình, thịnh vượng, phước lộc, trường tồn… vẫn nguyên vẹn sắc màu, đường nét chinh phục lòng người.

                Điểm nổi bật của chùa Ông là thể hiện ở kết cấu và trang trí ở hành lang trước chùa. Các thanh xà ngang, vì kèo và con sơn ngoài nhiệm vụ chống đỡ một phần mái chùa còn là nơi thể hiện đề tài trang trí. Những phiến đá, gỗ to, gồ ghề thô kệch đã được chạm khắc rất tinh vi,sắc sảo với các đề tài cổ điển như: cúng lễ, múa hát cung đình, hươu nai, rồng phụng…

Tiền điện có diện tích 62,13m². Trên mỗi cột đều có treo liễn đối và hoành phi. Là nơi thờ Mã đấu tướng quân (người giữ ngựa cho Quan Công) và ngựa xích thố (con ngựa mà Quan Công thường cưỡi) ngoài ra còn thờ ông Phước Đức. Là nơi để tấm bia ghi tên những người đóng góp trùng tu chùa năm Mậu Thìn (1868).

Trong điện có diện tích 149,33m² chiếm phân nửa diện tích điện thờ chính, được xây dựng theo phong cách nhà Tiền Điện. Hậu điện là nơi linh thiêng, bao trùm tất cả, hầu như mọi đối tượng thờ đều tập trung ở đây. Không gian kín đáo, mờ ảo cùng với khói nhang nghi ngút bao phủ các bức hoành phi, liễn đối “Tứ linh” ẩn hiện trong mây cùng các bức tượng khuôn mặt nghiêm nghị đặt trang nghiêm bệ thờ tất cả đã tạo nên sự linh thiêng huyền bí.

Chùa Ông không chỉ thờ Quan Công mà còn thờ Châu Xương, Quan Bình là hai người con nuôi và là dũng sĩ trung thành của ông. Ngoài ra còn thờ Thiên Hậu, Nguyên Quân, Kim Huệ thánh Mẫu, Mẹ Độ, Mẹ Sanh, Quan Âm Bồ tát, Triệu Huyền Đàn, Thái Thế … Di tượng cổ nhất là tượng Thiên hậu Nguyên Quân. Đến thăm chùa Ông chúng ta sẽ được chiêm ngưỡng một công trình kiến trúc hoàn mỹ với những tác phẩm điêu khắc đá, gỗ độc đáo và những phù điêu, tượng gốm tinh tế giàu chất dân gian. Sức sống mãnh liệt, phồn thịnh của một đô thị (Thương cảng Cù lao Phố).