Chùa Phật Tổ kết cấu bằng vật liệu gạch xi-măng, lợp mái ngói ống, đao cong ở các góc. Điêu khắc hình rồng, các họa tiết bằng vữa xi-măng ốp sành sứ nổi bật trên nóc chùa. Hình tượng lưỡng long tranh châu cùng các họa tiết, hoa văn - nét trang trí mỹ thuật sinh động trên đỉnh, ngôi chùa. Các vách tường bên tả, bên hữu, chánh điện, tam bảo nổi bật các bức tranh, tượng ốp sứ có giá trị nghệ thuật. Chùa Phật Tổ là một kiến trúc tôn giáo cổ nhất và là nơi truyền Phật pháp sớm nhất ở Cà Mau.

Chùa Phật Tổ có khuôn viên rộng. Ngoài kiến trúc chính của ngôi chùa, hiện nay còn có văn phòng Ban Trị sự Phật giáo tỉnh, Trường trung cấp Phật học Cà Mau, cơ sở cắt may miễn phí và cơ sở khám, chữa bệnh miễn phí. Phía sau chùa là hoa viên cây xanh và khu lăng mộ.

Trong hành trình mở cõi của dân tộc nói chung, của những dòng người về khai phá miền đất Cà Mau hoang sơ nói riêng, đứng trước rừng thiêng thú dữ và nước độc, con người luôn cảm thấy mình nhỏ bé và họ tự tìm cho mình một nơi để giải tỏa tâm trạng và gởi gắm niềm tin, mặc dù trong mơ hồ, vu vơ… 170 năm vùng đất Cà Mau (nay là khóm 3, phường 4, TP Cà Mau) một ngôi chùa ra đời và sau 2 năm (1842) vua Thiệu Trị xuống chiếu sắc tứ Quan Âm cổ tự, sau đó người dân địa phương quen gọi là "chùa Phật Tổ".

Chùa Phật Tổ do thầy lang Tô Quang Xuân, pháp danh Trí Tâm dựng lên để xem mạch, hốt thuốc trị bệnh cho dân cư trong vùng và tu hành truyền bá những điều tốt lành cho dân chúng. Tương truyền, thầy lang Tô Quang Xuân có đạo hạnh hơn người, ông cảm hóa được mọi người và cảm hóa được các loài thú dữ, bằng Phật pháp và trị bệnh cứu người bằng y đức. Dân chúng trong vùng tôn vinh ông là vị Hòa thượng đầu tiên của chùa, là Tổ khai sơn. Sau khi viên tịch nhập tháp, dân chúng tôn kính ông nên gọi ngôi chùa ông trụ trì là "chùa Phật Tổ" và họ ca tụng công đức của ông như Phật Tổ Như Lai.

Năm 1842 - năm Thiệu Trị thứ II, Hiến tổ chương Hoàng đế, Triều Nguyễn xuống chiếu sắc phong ngôi chùa của Hòa thượng Trí Tâm sáng lập với tên gọi "Sắc tứ Quan Âm cổ tự". Nhiều hiện vật như tượng, hoành phi, câu đối và nhiều di vật văn hóa Phật giáo thời kỳ khẩn hoang vẫn được lưu giữ tới bây giờ. Những hiện vật ấy có giá trị về mặt lịch sử, về mặt mỹ thuật, đặc biệt, Sắc tứ Quan Âm cổ tự được giữ gìn tới ngày nay.

Chùa Phật Tổ - Sắc tứ Quan Âm cổ tự là công trình đầu tiên của tỉnh Cà Mau vinh dự được công nhận di tích kiến trúc nghệ thuật cấp quốc gia. Đồng thời, ở góc độ lịch sử của chùa Phật Tổ, chúng ta cần am tường chiếu Sắc tứ Quan Âm cổ tự của nhà vua Thiệu Trị năm 1842 (năm Thiệu Trị thứ II).

"Trẫm nghĩ chốn kỳ duyên mậu thạnh trăm hoa đua nở đầy cành, cảnh sắc ta bà

"Hương thủy bao trùm hoa tạng muôn xưa không diệt không sanh

"Bờ bi vơi vơi từng nghe nương một cành lao mà đến trời Tây vời vợi

"Sang qua nhờ chiếc thuyền từ đã trưng việc cổ để nghiệm đời nay.

"Vừa đọc tố chương bỡ ngỡ vẻ vang trước mắt

"Duyệt xem văn sớ từng ngày đã cỡi hạc quy tiên

"Người linh địa cảnh nên linh, vương pháp tâm đồng Phật pháp

"Triều đình không có chi hơn kính phong hòa thượng và ân ban gấm vóc

"Lễ kỳ siêu cho người quan thân nơi cảnh lạc ban

"Giờ đây người đã viên tịch nơi chùa danh thắng Kim Chương

"Hỡi ơi

"Tiên cảnh không trần thiên đường có nẻo

"Vinh hạnh thay! Kính tỏ tấm lòng

"Hoàng thượng ân ban một đạo và gấm vóc đôi cây gọi là ân huệ Triều đình làm sáng tỏ công đức của ngài

"Khả kính thay!

"Hoàng Triệu Thiệu Trị nhị niên

"Nhâm Dần niên 1842 tháng 6…"

Chùa Phật Tổ (khóm 3, phường 4, TP Cà Mau) là di tích kiến trúc nghệ thuật được xếp hạng Di tích lịch sử - văn hóa cấp quốc gia, ngày 24/11/2000.

                                                                                                     (Nguồn: Baocamau)