Trong chùa ngoài tượng Phật, Bồ Tát... được thờ ở chính điện còn có tượng Trần Nhân Tông nhập niết bàn, tượng Thiền sư Pháp Hoa, Thiền sư Huyền Quang ở hậu điện. Chuông lớn của chùa có khắc bản văn “Phổ Minh Đỉnh Tự” đúc năm Cảnh Thịnh thứ tư (1796). Xưa kia chùa có một vạc lớn được xem là một trong tứ đại khí của nước ta thế kỷ XIII - XIV, nay không còn.
Sau thượng điện, cách một khoảng sân hẹp là tòa nhà mười một gian kéo dài theo hình chữ “nhất”, giữa là năm gian nhà tổ, bên trái là ba gian nhà tăng, bên phải là ba gian điện thờ. Trong nhà tổ có pho tượng Bà Chúa Mạc, người từng tu ở chùa, tạc bằng đá trắng, ngồi trên tòa sen, dựa lưng vào bức nền có trang trí vòng ánh sáng với ba chữ “Thường tịch quang”. Hai dãy hành lang nối liền nhà tiền đường và tòa nhà 11 gian tạo thành vòng ngoài của chữ “Quốc”. Phía sau nhà tổ là vườn tháp, có tượng Bà Chúa Mạc bằng đất nung.

Qua các lần tu sửa theo thời gian, chùa Phổ Minh đã bị thu hẹp nhiều so với trước, tuy nhiên kiến trúc thời Trần vẫn còn rất đậm nét. Nằm rải rác trong khu vực chùa còn 96 chân tảng đá chạm hoa sen. Ở cổng tam quan cũng như quanh chân tháp còn nhiều đôi sóc đá gắn vào bậc lên xuống. Trước nhà bái đường có hai đôi rồng chạm đá  dáng vẻ uy nghi. Đó là  những con vật thân hình mập mạp, chân to, móng khỏe, mang nét đặc trưng của rồng chạm khắc thời Trần.

Công trình có giá trị nhất, giữ vai trò chủ đạo của chùa và được bảo tồn khá nguyên vẹn cho đến ngày nay là tháp Phổ Minh. Do công trình này mà chùa Phổ Minh còn được gọi là chùa Tháp. Tháp Phổ Minh được xây dựng vào năm 1305, dưới thời vua Trần Anh Tông, cao 19,51m, có 14 tầng, lên cao thu hẹp dần và kết thúc bằng một chỏm nhọn hình bầu rượu có nhiều cạnh. Các tầng trên đều trổ cửa cuốn tò vò ra bốn phía. Bệ thờ bằng đá được đặt trong lòng tầng tháp thứ nhất, cách điệu bằng những cánh hoa sen. Tháp được trang trí giản dị nhưng vẫn rất đẹp với hoa văn dây uốn lượn, hình rồng gấp khúc vờn mây ngoạn mục. Trông xa, tháp Phổ Minh như một bông sen lớn trổ thẳng lên bầu trời trong xanh.

Chùa tháp Phổ Minh cùng với đền Thiên Trường và đền Cố Trạch đã tạo thành một khu di tích không những có giá trị về mặt nghệ thuật mà còn mang ý nghĩa lịch sử hết sức to lớn. Ngày 28/4/1962, chùa tháp Phổ Minh chính thức được Bộ Văn hóa - Thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch) công nhận là di tích lịch sử văn hóa. 

(Nguồn: dulichnamdinh.com.vn)