Chùa gồm năm gian bái đường và ba gian bảo điện nối nhau thành chữ đinh. Về lối bài trí, chùa cũng giống như nhiều chùa ở miền Bắc khác. Trên cao có Tam Thế Phật, dưới là A Di Đà Phật, dưới nữa là Quan Âm, phía ngoài là Thích ca Sơ sinh. Đặc biệt, hiện nay trên nóc chùa vẫn còn ba chữ triện đắp nổi "Vạn Niên tự", ý muốn chùa trường tồn mãi cùng với thời gian.

Suốt hơn 1000 năm lịch sử, qua bao thăng trầm, thay đổi, ngôi chùa cũng đã nhiều lần được trùng tu. Tuy nhiên, đến nay, chùa  vẫn còn lưu giữ được nhiều hiện vật có giá trị lịch sử và nghệ thuật cao. Ví dụ như những bức tường cổ của gian chùa chính được xây bằng loại gạch vồ  tiêu biểu của thời Lý. Ngoài ra chùa còn có  bộ tượng tròn gồm 46 pho, trong đó có 26 pho tượng Phật, 20 pho tượng Mẫu, tượng tổ; hai quả chuông đồng niên đại thời Nguyễn, 11 đạo sắc phong thần và nhiều đồ thờ khác. Đáng chú ý là trên quả chuông đồng của chùa được đúc vào đời Gia Long (1802-1820) có bài kí cho biết chùa Vạn Niên là một di tích cổ có quy mô bề thế, một danh lam cổ tích lớn ở phía Tây kinh đô Thăng Long.

Chùa tuy không lớn nhưng do nằm ở gần hồ Tây nên cảnh quan thoáng đãng, trong lành. Khác với các ngôi chùa khác ở đất Bắc, chùa Vạn Niên thường là nơi để người ta đến cầu bình an, sức khỏe và hạnh phúc cho gia đình, họ tộc chứ không phải là nơi để cầu tài cầu lộc. Chính vì vậy, ngày thường, chùa thường vắng lặng, chỉ những ngày rằm và vào dịp lễ tết, chùa mới có đông du khách thập phương đến viếng cảnh chùa và lễ Phật. Có lẽ nhờ đó mà chùa luôn có không khí thanh tịnh, yên ắng, rất hợp với khung cảnh của chốn thiền môn. Với những giá trị lịch sử và văn hóa độc đáo như trên, năm 1996, chùa đã được Bộ VHTT xếp hạng Di tích Lịch sử Văn hóa cấp Quốc gia. Hiện di tích này vẫn luôn được chính quyền và nhân dân quận Tây Hồ gìn giữ, tu bổ tôn tạo ngày một khang trang hơn để giữ được nét đẹp truyền thống và cổ kính cho không gian văn hóa của Thủ đô Hà Nội.
Nguồn: website báo Quê Hương