Năm 1896 và 1933, chùa Xà Tón được xây dựng lại bằng gạch ngói, cột bằng gỗ câm-xe, nền chùa đắp cao 1,8m được xây bằng đá xanh. Giống như các chùa Khmer khác ở Đồng bằng sông Cửu Long, chùa Xà Tón cũng theo cùng một quy cách bố cục và kiến trúc thống nhất. Chính điện chùa Xà Tón nằm ở trung tâm khu đất của chùa, được xây theo hướng đông tây có nóc nhọn và hai mái cong gợi hình ảnh nằm dài uốn cong của rắn thần Naga, tượng trưng cho sự bất diệt, dũng mãnh. Mái chính điện được dựng cao dần theo tam cấp, lợp ngói đỏ, xanh, vàng, trông rực rỡ dưới nắng. Chung quanh ngôi chính điện là các dãy tháp, kiểu thức thanh nhã tinh tế, vút dần lên cao, với các tượng nhỏ chung quanh và trên đỉnh là tượng thần Bayon bốn mặt bằng đá (thần sáng tạo). Trong các tháp này là hài cốt đã hỏa táng của các nhà tu hành ở chùa. Phía trước chùa có hồ lớn trồng hoa sen, hoa súng; bên trái chùa là hàng dừa trĩu quả và các cây cổ thụ cành là là rủ bóng xuống hàng tháp. Trong ngôi chính điện có tượng Phật lớn ngồi trên bệ cao. (Chỉ có một tượng Phật cao gần mái đặt ở chính điện). Trên các bức tường chung quanh có nhiều hình vẽ kể lại cuộc đời của Phật và các môn đồ, nhưng nay đã phai màu. Đằng trước tượng Phật còn có nhiều tượng nhỏ bằng bạc, bằng gỗ khá đặc sắc. Chính điện là nơi hành lễ, thuyết pháp, còn nơi học, nơi ở của các vị sư là những dãy nhà khác, có phần nhỏ hơn nhưng cũng có hai mái cong gập lại, có nóc nhọn và có hình tượng thần rắn Naga.

Đối với đồng bào Khmer vùng Đồng bằng sông Cửu Long và An Giang, chùa là nơi thờ Phật, là trung tâm văn hóa, nơi gìn giữ những phong tục, tập quán, kiến trúc, điêu khắc, nghệ thuật dân tộc cổ truyền; nơi thanh niên và bà con dân tộc Khmer đến tu học để trở thành người có tri thức, đức hạnh và chăm chỉ lao động.