Năm 1859 thực dân Pháp đánh thành Gia Định, trong khi vua quan triều đình Tự Đức bất lực, ông không do dự tòng quân vào Nam chiến đấu và trở thành trợ thủ đắc lực của Thống đốc quân vụ Tôn Thất Hiệp. Sau khi đại đồn Kỳ Hòa thất thủ (2.1861) ông về Tân An hoạt động chống Pháp trong phong trào Trương Định cùng với các thủ lĩnh nghĩa quân địa phương như Phan Văn Đạt, Trịnh Quang Nghị. Pháp chiếm 6 tỉnh Nam Kỳ,ông đề đạt nhiều ý tưởng và kế hoạch độc đáo trong việc đồn khẩn vùng Tây Bắc Bình Thuận để kháng Pháp lâu dài,nhưng triều đình Huế bạc nhược đã ngăn cản kế hoạch trên.Sau nhiều năm hoạt động gian khổ và tâm huyết cùng bao u uất trước vận nước lúc bấy giờ, ngày 27.8.1884 Nguyễn Thông mất tại Ngọa du sào- Phan Thiết (Bình Thuận), nơi sau này các con ông là Nguyễn Quý Anh và Nguyễn Trọng Lội đã tiếp nối truyền thống, thành lập Dục Thanh học hiệu mà người thanh niên yêu nước Nguyễn Tất Thành (sau này là chủ tịch Hồ Chí Minh) đã ghé dạy học (3.1909) trên đường vào Nam tìm đường cứu nước.

Về mặt trước tác, Nguyễn Thông để lại nhiều tác phẩm giá trị như: Kỳ Xuyên văn sao, Kỳ Xuyên công độc, Ngọa du sào văn tập, Việt sử cương giám khảo lược. Theo nhà nghiên cứu Cao Tự Thanh trong ''Nghiên cứu lịch sử'' số 221, Nguyễn Thông còn là tác giả sách ''Kỳ Xuyên thi sao'' mới tìm thấy ở miền Nam.

Cuộc đời hoạt động và trước tác của Nguyễn Thông để lại đã khẳng định ông là một nhà hoạt động văn hóa lớn, một trí thức lớn đã thể hiện tấm lòng yêu nước một cách trọn vẹn trong thời kỳ lịch sử đầy biến động ở nước ta vào cuối thế kỷ XIX.    

Nguyễn Thông an nghĩ vĩnh viễn trên quê hương thứ hai Bình Thuận, nhưng nơi sinh ra ông, tên ông đã thành tên đường , tên trường học.Khu vườn nhà ông nay là khu lưu niệm.Đó là một quần thể (rộng 543m2) gồm công trình bia lưu niệm ( xây dựng năm 1984 nhân kỷ niệm 100 năm ngày mất Nguyễn Thông), nền nhà cũ, mộ phần của bà nội và song thân của Nguyễn Thông bằng đá ong (laterit).Đặc biệt tại đây còn một bia đá cẩm thạch do chính ông tạo lập năm 1868, loại bia một mặt có kiểu dáng và trang trí mang phong cách mỹ thuật thời Nguyễn.Nội dung bia xác định vị trí các ngôi mộ, năm sinh ,năm mất và một bài minh ca ngợi công đức thân sinh ông là Nguyễn Hanh.Ngày nay,''Khu lưu niệm Nguyễn Thông'' là địa điểm tham quan ,thăm viếng,là địa chỉ về nguồn của học sinh,sinh viên.Bia đá do ông lập là di sản quí ở địa phương,là tư liệu góp phần tìm hiểu cuộc đời và sự nghiệp Nguyễn Thông.

Năm 2001 '' Khu lưu niệm Nguyễn Thông '' được Bộ văn Hóa - Thông tin công nhận là di tích Quốc gia (Quyết định số 04/2001/QĐ-BVHTT ngày 19-01-2001).

(Nguồn: longan.gov.vn)