- Văn miếu đã trùng tu hai lần vào năm 1794 và 1852. Năm Giáp Dần đời hưng nhà Nguyễn (1794) Văn miếu được trùng tu với kiến trúc quy mô, có “Đại thành điện”, “Đại thành môn”, “Thần miếu”, "Dục Thánh từ”, “Khuê Văn các”, “Dụng lễ đường”, “Sùng văn đường”.

- Hàng năm, vào ngày đinh mùa xuân và mùa thu, đích thân chúa Nguyễn đến Văn miếu Trấn Biên để hành lễ. Sau năm 1802, vua Nguyễn ủy nhiệm cho quan Tổng trấn thành Gia Định, Tổng trấn Biên Hòa và quan Đốc học hàng năm đến đây hành lễ thay nhà vua.

- Văn miếu Trấn Biên được xây dựng trong bối cảnh vùng đất Biên Hòa - Đồng Nai đã khá ổn định về chính trị, phát triển kinh tế - xã hội (có Nông Nại Đại Phố, có dinh trấn...) như một sự xác lập vị thế địa văn hóa - chính trị của vùng đất; đồng thời là sự tiếp nối văn miếu Thăng Long và truyền thống trọng học, trọng trí thức nhân tài của tổ tiên trải qua nhiều thế kỷ xây dựng quốc gia tộc lập tự chủ. Gắn liền với văn miếu Trấn Biên là một nền giáo dục phát triển khá sớm ở Biên Hòa - Đồng Nai lúc bấy giờ. Và trên nền giáo dục ấy cũng đã sản sinh ra những tên tuổi làm rạng rỡ vùng đất phương Nam, đồng thời tô điểm thêm truyên thống văn hóa ngàn năm của dân tộc ta như: Võ Trường Toản, Trịnh Hòai Đức, Ngô Nhân Tịnh, Lê Quang Định, Nguyễn Đình Chiểu...

- Do thời gian và những biến cố lịch sử, văn miếu Trấn Biên bị tàn phá không còn lại dấu vết (theo “Biên Hòa sử lược” của nhà nghiên cứu Lương Văn Lựu, năm 1861 khi tiến chiếm Biên Hòa, quân Pháp đã đốt phá văn miếu Trấn Biên), người đời nay chỉ hình dung văn miếu Trấn Biên xưa qua sử sách. Song với những gì được mô tả và người đời lúc bấy giờ xưng tụng, người Biên Hòa – Đồng Nai hôm nay rất đỗi tự hào về ngôi đền văn miếu của mình. 

- Để  kỷ niệm 300 năm Biên Hòa – Đồng Nai, Tỉnh ủy, UBND tỉnh đã chỉ đạo xây dựng lại văn miếu Trấn Biên trên nền Văn miếu xưa thuộc phường Bửu Long, thành phố Biên Hòa, cách trung tâm thành phố khoảng 3km, gần Trung tâm Văn hóa Du lịch Bửu Long Lễ khởi công diễn ra vào ngày 9-12-1998 và khánh thành công trình giai đoạn 1 vào ngày mùng 3 Tết Nhâm Ngọ 2002 (nhằm ngày 14-2-2002). Trong dịp kỷ niệm 290 năm văn miếu Trấn Biên, các công trình giai đoạn 2 tiếp tục được xây dựng và mở rộng thêm diện tích.

- Việc phỏng dựng lại văn miếu Trấn Biên không chỉ là việc làm hướng về cội nguồn, truyền thống đáp ứng được lòng mong mỏi của nhân dân mà còn gìn giữ, phát huy các giá trị văn hóa để “xây dựng nền văn hóa Việt Nam tiên tiến đậm đà bản sắc dân tộc” như Nghị quyết Trung ương V (khóa VIII) của Đảng đã đề ra.

- Văn miếu Trấn Biên được xây dựng lại theo hình thức truyền thống nhưng thể hiện biểu trưng mới về văn hóa giáo dục và tinh thần trọng việc học hành theo quan điểm, đường lối của Đảng và Nhà nước ta. Văn miếu là nơi bảo tồn, gìn giữ và tôn vinh các giá trị văn hóa giáo dục xưa và nay của dân tộc và của địa phương; đồng thời là một thiết chế văn hóa, du lịch gắn với khu danh thắng Bửu Long đã được công nhận là di tích quốc gia. Do vậy, ngoài việc thờ phụng các danh nhân văn hóa – giáo dục xưa và nay, Văn miếu Trấn Biên còn là nơi tổ chức lễ báo công, tuyên dương tài năng trên các lĩnh vực. Thực tế từ khi khánh thành (năm 2002) đến nay, Văn miếu Trấn Biên là nơi thường xuyên diễn ra các lễ viếng các bậc tiền nhân, tổ chức tuyên dương, khen thưởng, báo công những thành tích đặc biệt trên các lĩnh vực mà Đảng bộ và nhân dân Đồng Nai đạt được, đặc biệt trên lĩnh vực văn hóa – giáo dục. Ngoài ra, văn miếu cũng là nơi đón nhiều đoàn khách trong và ngoài tỉnh cũng như các đoàn khách quốc tế khi đến thăm Đồng Nai.

- Với hình thức, nội dung và hoạt động mới như vậy, có thể nói văn miếu Trấn Biên còn là động lực tinh thần lớn lao thể hiện khát vọng vươn lên về trí tuệ và tài năng của Đảng bộ và nhân dân tỉnh nhà; quyết tâm đẩy mạnh phát triển kinh tế, đời sống văn hóa tinh thần phong phú, thực hiện thành công sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa trên vùng đất Biên Hòa – Đồng Nai.

(Nguồn: www.bienhoa.gov.vn)